Devido a desentendimentos no aldeamento Papary, o cacique Jacumaúma partiu embusca de novas terras e as encontrou às margens da Lagoa de Guaraíras. Surgiu dessa forma a primeira comunidade, que viria a ser a Vila de Arez.
Os holandeses, ao chegarem, encontraram a comunidade com sinais de progresso. O estrategista Maurício de Nassau mandou abrir um canal para viabilizar a entrada de navios na lagoa, e planejou a construção de um porto no local.
O projeto, entretanto, não conseguiu ser concretizado. Os holandeses foram expulsos, perseguidos pelos portugueses e, no esforço de resistência, construíram fortificações numa ilha existente no centro da lagoa. Os soldados fugitivos permaneceram nas edificações da Ilha do Flamengo, nome dado pelos holandeses, até a derrota final em 1651.
Os padres jesuítas chegaram à localidade em 1659 e, comandados pelo Padre Sebastião Figueiredo, iniciaram ação de catequese junto aos aldeamentos indígenas de Guaraíras e da Lagoa de Papeba. Nesse período, fundaram a Missão de São João Batista de Guaraíras, construindo a Igreja e o Convento. Por Ordem Régia de D. José I, Rei de Portugal, do ano de 1758, os aldeamentos indígenas deveriam ser suprimidos e transformados em Vilas com elementos jurídicos de autonomia local. Dessa forma, os jesuítas foram expulsos e, no dia 15 de junho de 1760, a comunidade recebeu o título de Vila, com o nome de Vila Nova Arez, dado pelo juiz de Olinda, Miguel Carlos Caldeira Castelo Branco. O nome Arez representa uma homenagem dos portugueses a uma vila existente com o mesmo nome no Alentejo, em Portugal.
No dia 7 de agosto de 1832, Arez deixou de ser município e passou a integrar o novo município de Goianinha. Somente no ano de 1876, quando era Presidente da Província o Dr.Antônio Passos de Miranda, Arez voltou a ter o privilégio da autonomia, tornando-se, novamente, município, pela Lei no 778, de 11 de dezembro daquele ano.